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實施於計算機的差異表現基因辨認方法 COMPUTER-IMPLEMENTED METHOD FOR IDENTIFYING DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES AND COMPUTER-READABLE MEDIUM ENCODED WITH COMPUTER PROGRAM TO EXECUTE THEREOF
專利名稱 實施於計算機的差異表現基因辨認方法以及此方法之電腦可讀取記錄媒體COMPUTER-IMPLEMENTED METHOD FOR IDENTIFYING DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES AND COMPUTER READABLE STORAGE MEDIUM FOR STORING THE METHOD
申請日 (校編號) 2012/12/21  (101037TW)
專利證書號 I472944 中華民國
專利權人 國立中央大學
發明人 陳志浩、李弘謙、蘇立仁


技術摘要:
一種實施於計算機的差異表現基因辨認方法包含以下步驟:藉由如微陣列或次世代定序等科技從實驗組樣本取得數筆實驗組基因表現量數據,以及從控制組樣本取得數筆控制組基因表現量數據。根據實驗組數據計算出各實驗樣本非差異表現基因之誤差值,以高斯分佈函數預測實驗組表現量真值機率分佈,並根據控制組數據計算出各控制樣本非差異表現基因之誤差值,以高斯分佈函數預測控制組表現量真值機率分佈。正規化實驗組機率分佈以及控制組機率分佈。整合正規化後之實驗組機率分佈以及整合正規化後之控制組機率分佈。計算實驗組與控制組間差異表現量之機率分佈,以估計該受測基因是否為差異表現基因。

解決的問題或達成的功效:
提供一種實施於計算機以不同於t檢定之空假設及z檢定為基礎的差異表現基因辨認方法。此差異表現基因辨認方法之空假設為待測基因並非差異表現基因。因此,待測基因之誤差係以所有非差異表現基因之表現量測量值來估計。假設差異表現基因遠少於非差異表現基因,待測基因之誤差可用所有基因之表現量測量值來估計。

應用領域:
關於一種實施於計算機的差異表現基因辨認方法以及用以此方法之電腦可讀取記錄媒體

適用產品:
生物科技

IPC:


Claim 1:
1.一種實施於計算機的差異表現基因辨認方法,包含:(a)取得複數個實驗樣本之表現量數據以及複數個控制樣本之表現量數據;(b)由該些實驗樣本之表現量數據計算出各實驗樣本之非差異表現基因表現量誤差,以及由該些控制樣本之表現量數據計算出各控制樣本之非差異表現基因表現量誤差;(c)針對一待測基因,由該些實驗樣本之表現量數據取得複數個該待測基因在各實驗樣本中之表現量測量值,合併各實驗樣本之非差異表現基因表現量誤差,產生該待測基因在各實驗樣本中之表現量真值機率分佈,以及由該些控制樣本之表現量數據取得複數個該待測基因在各控制樣本中之表現量測量值,合併各控制樣本之非差異表現基因表現量誤差,產生該待測基因在各控制樣本中之表現量真值機率分佈;(d)正規化該待測基因在各實驗樣本中之表現量真值機率分佈,以及正規化該待測基因在各控制樣本中之表現量真值機率分佈;(e)由該些正規化後之實驗組表現量真值機率分佈計算出一個該待測基因在實驗組之表現量真值機率分佈,以及由該些正規化後之控制組表現量真值機率分佈計算出一個該待測基因在控制組之表現量真值機率分佈;(f)由該待測基因在實驗組之表現量真值機率分佈及該待測基因在控制組之表現量真值機率分佈計算出一個該待測基因在實驗組與控制組間差異表現量真值之機率分佈;以及(g)根據該待測基因在實驗組與控制組間差異表現量真值之機率分佈進行統計檢定,以估測該待測基因是否為差異表現基因。

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